初期臨床研修2年ののち、脳神経外科専門プログラムのもと4年以上の後期研修を経ると、脳神経外科専門医資格を取得することが出来ます。よって最短医師7年目で専門医取得が可能です。専門医取得後、各サブスペシャリティ領域に特化した専門研修を行うことが出来ます。

日本脳神経外科学会では、サブスペシャリティを下記の8領域に分類しています。
① 脳腫瘍、②脳血管障害、③脊椎・脊髄、④外傷、⑤機能、⑥小児、⑦その他の分野（教育・技術など）、⑧学際的領域（各領域に横断的に関わる神経内視鏡・頭蓋底外科・定位放射線治療・リハビリテーションなど）。