脳神経外科と一口に言っても、たくさんのサブスペシャリティがあります。
専門医になるためにはそれぞれについて一定以上の知識や経験がなくてはなりません。教育システムや手術のノウハウの蓄積があるという点は、医局に所属することのメリットと思います。また医局に所属する場合、若いうちは大学以外の関連施設を定期的に異動することになります。このことは定期的に引っ越しが必要となるデメリットはありますが、同一施設で同じやり方で仕事をするよりも、いくつかの施設(病院)で少しずつ異なる診療方法を学べるため、自身の将来的な外科手技や日常診療のスキルに幅が出て、より良いものになると思います。